Le temple Eigen-ji est le temple principal de la branche Eigen-ji et l’un des quinze temples majeurs des sectes Rinzai et Obaku. Avec 127 temples affiliés dans tout le pays, il constitue un centre vénérable pour la méditation zen et les prières pour la paix et la sécurité nationales du Japon.
Son histoire remonte à la première année de l’ère Koan (1361), pendant la période Nanboku-cho. Sasaki Rokkaku Ujiyori, le protecteur de la province d’Omi, a fondé le monastère en faisant don de la zone pittoresque de Raikei, ou « Gorge du Tonnerre », au maître zen Jakushitsu Genko. Connu pour être un moine dévot s’étant formé au mont Koya, Ujiyori a nommé le monastère « Eigen-ji », une combinaison de Setsue Souei, son nom bouddhiste, et de Sasaki Gen, le nom de son père.
Le nom de la montagne a été changé de « Hankoyama » à « Zuisekizan », ou montagne de la Pierre Sacrée, à la lumière des événements miraculeux impliquant des pierres lors de la construction du temple. Les légendes racontent que des pierres de fondation colossales se déplaçaient avec un minimum d’effort et évoquent l’apparition de la grande divinité, le Bodhisattva Kannon, au sommet d’un grand rocher.
À l’arrivée du maître zen et lors de la fondation du temple, environ 2 000 moines et laïcs se sont rassemblés. On dit que le temple abritait autrefois 56 temples secondaires dans son enceinte.