該寺院創建于平安時代後期，歷史已逾1000年。從京都御所遷移至此的宸殿，是日本國家重要文化財產。

在與小倉百人一首卷首歌淵源頗深的近江神宮，吟唱人在神位前朗誦，身著采女裝束的4名取姬（女侍）奉上歌牌，舉行『開牌儀式』。

湖國三大祭之一的『山王祭』，是日本全國3,800多個『山王神』的總本宮『日吉大社』的例行祭典活動。現已被指定為大津市無形民俗文化遺產。本活動從3月1日起歷時1個半月，其中4月12日至14日的3天為主要祭典活動。

由武田流·日本古式弓馬術協會組織的流鏑馬活動中，在本殿舉行流鏑矢供奉儀式之後，列隊至表參道，舉行天長地久儀式，接著由3名射手策馬全速疾馳，從馬上射擊設置在3處的箭靶。

約2,000只燈火，將寺內映照成一個夢幻幽謐的世界。此外，天然紀念物矽灰石及國寶多寶塔也亮起彩燈，舉行演奏、舞蹈等活動。

『三井晚鐘』是日本三大名鐘之一，在近江八景中也很有名。12月31日除夕夜，三井寺將敲響除夕鐘聲。