该寺院创建于平安时代后期，历史已逾1000年。从京都御所迁移至此的宸殿，是日本国家重要文化财产。

在与小仓百人一首卷首歌渊源颇深的近江神宫，吟唱人在神位前朗诵，身着采女装束的4名取姬（女侍）奉上花牌，举行“开牌仪式”。

湖国三大祭之一的“山王祭”，是日本全国3,800多个“山王神”的总本宫“日吉大社”的例行祭典活动。现已被指定为大津市无形民俗文化遗产。本活动从3月1日起历时1个半月，其中4月12日至14日的3天为主要祭典活动。

由武田流·日本古式弓马术协会组织的流镝马活动中，在本殿举行流镝矢供奉仪式之后，列队至表参道，举行天长地久仪式，接着由3名射手策马全速疾驰，从马上射击设置在3处的箭靶。

约2,000盏灯火，将寺内映照成一个梦幻幽谧的世界。此外，天然纪念物硅灰石及国宝多宝塔也亮起彩灯，举行演奏、舞蹈等活动。

“三井晚钟”是日本三大名钟之一，在近江八景中也很有名。12月31日除夕夜，三井寺将敲响除夕钟声。